Ngoài việc thiết kế Ju 88 theo kiểu máy bay bổ nhào, nó còn được phát triển theo kiểu máy bay tiêm kích bom. Phiên bản này có tên Ju 88C-6 và được trang bị 3 ghế ngồi, khoang A-4 mang được một lượng bom vừa phải, 2 súng phụ gần buồng lái - một súng đầu khoang. Động cơ của Ju 88C-6 cũng là loại Jumo 211J giống các phiên bản Junkers khác. C-6 hầu như đều có mặt trong các đơn vị ném bom chiến đấu của Đức. Trước sự tấn công càng nhiều từ máy bay Đồng Minh vào các tàu bè của Đức, nhất là đoàn tàu ngầm U-Boat nên C-6 đã có mặt kịp thời để ngăn cạn sự tấn công càng nhiều của phe Đồng Minh. Vào trận Normandy, Ju 88C-6 đã thể hiện vai trò rất tốt của mình, nó đánh bom vào phà và tàu của Đồng Minh, tiêu diệt một số lượng đáng kể quân Đồng Minh. Ngoài ra, ngày D-Day của Đồng Minh thành công một phần là vì C-6 chưa kịp trang bị ngư lôi Fritz X và Hs-293, hai loại ngư lôi mới đã đưa vào sản xuất, nhưng số lượng chưa nhiều.